Cold Tumor Research

学习模式

目标不是记住更多基因名，而是能随时判断：测的是哪一层、能回答什么、不能回答什么，以及结论从哪里来。
检测能力矩阵结构化证据库文献更新队列

沿 OnCo 建立研究地图

从分型、通路和免疫递送三个问题出发，连接公开条目、研究团队与原始证据，再进入主题更新页保存核对记录。

OnCo 用于建立知识关联；药物适应证、试验状态和疗效需回到原始来源核对。 Data from OnCo (onco.cc), CC BY-NC 4.0。

正常通路与本例状态

在参考状态、本例状态和并排对照之间切换；点击节点会把相关结论和原始来源一起高亮。

CDK4–RB 细胞周期

扩增、蛋白表达与药物依赖为什么不能互相替代？

箭头表示教学上的通路顺序，不表示本例已证实的因果链。点击节点会高亮下方对应结论和来源。

纯度与 VAF：本例最重要的一次算术

镜下 40% 与肿瘤 VAF 92.36% 放在一起是矛盾的——这个矛盾怎么解、解完还剩什么问题，正是 /audit 中 TP53 条目的核心。

纯度 / VAF 推算器：92.36% 为什么装不进 40%？

拖动纯度，看一个胚系杂合位点在三种教科书模型下的期望肿瘤组织 VAF。 本例血液 VAF 46.03%（标准杂合）、肿瘤组织 92.36%、镜下肿瘤含量估计 40%。

  • 无第二击（全细胞杂合）50.0%
  • 缺失型 LOH（丢失野生型拷贝）62.5%
  • Copy-neutral LOH（野生型被替换）70.0%
在 40% 纯度下，任何完全 LOH 模型都到不了观察值 92.36%（上限 70.0%）
若为 copy-neutral LOH，隐含纯度
84.7%
若为缺失型 LOH，隐含纯度
91.7%

同一纯度下的两条旁证

杂合缺失区段的期望混合读数
CN ≈ 1.60
克隆性杂合体细胞变异的期望 VAF
20.0%

对照报告：多个“缺失”区段读数 0.84–0.99（40% 纯度下应约 1.6）；APOB 体细胞 VAF 35.05%（40% 纯度下应约 20%）。 这两条无法独立定纯度：CN 可能已经算法校正，APOB 还依赖克隆性、倍体和变异多重性。它们只提醒“40% + 未校正简单模型”不能直接套用。

教学模型，不是临床判定
假设单一克隆、正常细胞二倍体、无亚克隆与测序偏倚；真实流程还需等位基因特异拷贝数、倍体和统计模型。该演示只解释“为什么要请实验室复核”，不能用来宣布 LOH 已证实。

术语词典

每个术语都附带本例中的实际例子和不能回答的问题。
CNV Copy-number variation · 拷贝数变化

一段 DNA 相对参考二倍体发生增加或减少。区段可很小，也可跨越整条染色体臂。

能回答
某一区段/基因的 DNA 剂量是否偏离二倍体基线。
不能回答
该基因的 RNA、蛋白或通路功能是否一定增加/丢失。
本例
chr13q CN 0.94 包含 RB1，只能提示广泛约单拷贝状态。
拷贝数（CN）

算法估计样本中某段 DNA 的平均拷贝数；正常体细胞二倍体常以 2 为参考。

能回答
CDK4 的 35.2 表示高水平扩增，而不是 35.2%。
不能回答
不能脱离肿瘤纯度、倍体和算法误差当成每个肿瘤细胞精确拥有 35.2 份。
本例
CDK4 CN 35.2 是强驱动线索，但不能单独证明 CDK4/6 抑制剂有效。
VAF Variant allele fraction · 变异等位基因频率

测序读段中携带某一变异的比例。它受肿瘤纯度、克隆比例、局部拷贝数和测序偏倚共同影响。

能回答
描述样本中变异读段所占比例，辅助判断胚系/体细胞和等位基因失衡。
不能回答
不能单独证明纯合、LOH 或双等位失活。
本例
TP53 在 6 月肿瘤中 VAF 96.6%；7 月为血液 46.03%、肿瘤 92.36%。两次肿瘤高 VAF 均需实验室模型复核，而不是直接写成“第二击已证实”。
肿瘤含量 / 纯度

送检样本中肿瘤细胞或肿瘤 DNA 所占比例的估计。病理估计与生物信息学估计可能不同。

能回答
帮助解释 VAF、CNV 灵敏度和阴性结果可信度。
不能回答
不能作为所有位点共享的精确校正系数。
本例
病理镜下估 40%，但 TP53 VAF 92.36%、多区段 CN≈0.9 与 APOB VAF 35.05% 不能用同一套未校正简单模型解释。应区分镜下估计、有效测序纯度和算法校正值。
IHC Immunohistochemistry · 免疫组化

用抗体在组织切片上观察某种抗原的表达、定位和分布。

能回答
在合格对照下直接观察 RB、H3K27me3、B7-H3 等抗原状态。
不能回答
一般不能替代完整 DNA/RNA 检测；MGMT IHC 也不能替代启动子甲基化。
本例
H3K27me3 的三条档案记录性质各异——珠海自染自读、中肿转录原单位、天坛复阅借片；证据权重要按染色/复阅/转录分开计量，抗体、标本、区域、判读与转录环节都需整合复核。
DNA 甲基化

DNA 上特定位点的化学修饰；启动子甲基化与全基因组甲基化分类是两个不同用途。

能回答
专门检测可回答 MGMT 启动子状态；全基因组阵列可将 CNS 肿瘤与参考甲基化类型匹配。
不能回答
10q 缺失、MGMT IHC 或少量基因 panel 不能替代。
本例
本例芯片已完成：MGMT 启动子非甲基化，肿瘤甲基化分类却“不能明确典型分类”；两者是不同输出。
转录本

基因转录并剪接后形成的 RNA 版本；同一基因可有多个转录本。

能回答
明确 c. 编号、外显子连接和融合读框所依赖的参考版本。
不能回答
仅知道基因符号不能保证不同数据库给出相同的 c./p. 编号。
本例
TP53 报告写 NM_000546 但未给版本，所以图中保留版本不确定性。
RNA 融合

原本不同的基因片段在 RNA 中形成异常连接，可产生融合转录本或蛋白。

能回答
RNA 检测能直接观察已表达的异常连接。
不能回答
DNA panel 的有限“未检出融合”不能排除所有 RNA 融合；RNA 阴性也受表达和质量影响。
本例
本例已完成 20 基因靶向 RNA panel 且融合未检出；该阴性只覆盖列明范围，若后续提出 panel 外缺口，再选择更广 RNA 或正交方法。
TMB / MSS

TMB 是单位序列长度的肿瘤突变数估计；MSS 表示未见微卫星不稳定。

能回答
帮助识别某些超突变/MMR 缺陷免疫治疗例外。
不能回答
不能独自断言所有免疫治疗一定无效，也不能替代具体临床试验数据。
本例
本例 TMB 0.64 Muts/Mb、MSS，与常规 PD-1 单药低优先级一致。
证据外推

把一个人群、疾病、治疗阶段或终点的数据应用到另一个场景。外推不是自动错误，但必须显式说明距离。

能回答
解释为什么成人 III 期证据仍可能只对本例“间接适用”。
不能回答
高证据等级不能消除年龄、实体和阶段不匹配。
本例
成人 GBM 的 TTFields 随机证据不能直接变成 13 岁儿童型 HGG 的疗效结论。

把结论展开成推导过程

事实、背景、边界和动作分开，任何一步变化时都知道要修改哪一段。
CDK4 扩增为何只把 CDK4/6 抑制列为试验方向？
  1. 1报告事实

    CDK4 估算 CN 35.2，高水平扩增。

  2. 2文献背景

    支持 CDK4–RB 细胞周期通路受驱动的可能。

  3. 3证据边界

    Rb IHC 已报告“部分可疑缺失”，但没有比例、强度、分布和内部对照，不能归为明确保留或完全缺失；即使确认保留也不保证疗效。Pediatric MATCH 中符合通路条件且 RB 表达的患者仍无客观缓解。

  4. 4合理动作

    若考虑该方向，先让具体试验中心复阅现有 Rb 原片并按方案标准判定，必要时再复染；优先临床试验。

为什么 MGMT 已报告阴性，却仍不能当作治疗开关？
  1. 1报告事实

    6 月报告判定 MGMT 启动子甲基化阴性、9 月芯片为非甲基化；7 月报告的 10q23.32–q26.3 CN 0.89 是另一层 DNA 剂量结果。

  2. 2文献背景

    成人 IDH-WT GBM 中 MGMT 启动子甲基化有预测价值。

  3. 3证据边界

    阴性不支持“甲基化介导的更高 TMZ 敏感性”，但儿童 HGG 数据有限且分型异质；它不能单独证明 TMZ 无效。

  4. 4合理动作

    先向原实验室补齐方法、CpG 位点、阈值和质控；由 MDT 在儿童证据限制下解释，不默认重复取材。

为什么甲基化芯片做完了，还需要复核？
  1. 1报告事实

    形态和 IHC 不典型；H3K27me3 的自染、转录与复阅记录不一致；H3/IDH 关键改变阴性。

  2. 2文献背景

    最新 cIMPACT-NOW 建议该儿童型实体与认可甲基化类型对齐。

  3. 3证据边界

    09-16 芯片“不能明确典型分类”；原因和分数未知，不能强行命名亚型或据此推算预后。

  4. 4合理动作

    先索取分类器/分数/质控与 CNV 图，复核现有数据；再按明确缺口决定 RNA、IHC 或复测，不默认重新取材。

短测验

选择后立即显示解释；重点是识别层级混淆，而不是背答案。

QUESTION 1

基因所在区段约单拷贝，是否必然等于蛋白完全丢失？

QUESTION 2

DNA panel “融合未检出”是否排除了 RNA 融合？

QUESTION 3

AlphaFold 高置信度预测结构能否证明患者变异致病？

QUESTION 4

10q/MGMT 单拷贝下降能否替代 MGMT 启动子甲基化检测？

QUESTION 5

病理估计肿瘤含量 40%，胚系杂合位点在肿瘤组织测得 VAF 92.36%。最合理的解读是什么？

QUESTION 6

某药正在进行随机试验，能否写成“已有临床有效性证据”？