中山大学附属肿瘤医院

分子诊断科 · KRAS/BRAF/PIK3CA/NRAS 基因高通量测序检测报告

华南肿瘤分子诊断中心 · 报告日期：2026-07-09

原 PDF 为扫描件。本文件已将主要临床内容整理为可检索的 Markdown，并移除患者直接身份标识。含身份信息的原 PDF 与扫描图仅保存在本地 Git 忽略目录中，不随仓库上传。医学术语、变异位点和数值应以本地原始报告为准。

报告机构

• 中山大学附属肿瘤医院分子诊断科
• 华南肿瘤分子诊断中心
• 国家肿瘤精准医疗基因诊断示范中心
• 国家卫健委肿瘤基因高通量测序临床试点单位
• 国家卫健委病理质控中心分子病理示范实验室
• 广东省临检中心临床基因扩增示范实验室

联系方式：

• 广州市越秀区东风东路 651 号中山大学附属肿瘤医院 2 号楼 6 楼分子诊断科，020-87343788
• 广州市黄埔区开阳五路 1 号中山大学附属肿瘤医院黄埔院区 1 号楼 5 楼分子诊断科，020-87340921

实验操作者：张旭、杨鑫华 报告医生：林武豪

基本信息

病理学评估：送检石蜡包埋手术组织，HE 染色，镜下肿瘤细胞含量 40%。

1. 经 NMPA 获批的 4 个基因相关变异结果

注：

1. 检测方法：多重扩增子＋目标区域捕获＋二代测序（NGS）。
2. 人类基因组版本号：GRCh37/hg19。
3. 变异位点的命名按照人类基因组变异协会（Human Genome Variation Society，HGVS）的规则。
4. 变异丰度指等位基因检测过程中，该位点突变型占突变型和野生型总和的比例。

2. 样本主要质控

对照样本

临床样本

3. 附赠检测

以下结果仅供临床参考，诊疗决策应以上述 4 基因结果为主。

附赠检测中突变丰度与 NMPA 获批的 4 个基因结果差异来源于两次检测的浮动，此类突变为可靠结果。

3.1 结果小结

3.2 诊疗相关变异

诊断/预后相关变异（I 类/II 类）

靶向治疗相关变异（I 类/II 类）

变异分级说明：

• A 级：NMPA/FDA 等批准或 NCCN 等指南共识推荐该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性。
• B 级：充分的临床研究支持该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性，已形成专家共识。
• C 级：小型临床研究支持该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性，或 NMPA/FDA 等批准、NCCN 等指南共识推荐该标志物用于其他癌种；亦可作为临床试验入组筛选标准。
• D 级：临床前研究和/或案例研究支持该生物标志物用于预测药物的应答/敏感性。
• III 类：临床意义不明确。
• IV 类：良性或可能良性。

3.3 变异检测结果汇总

3.3.1 体细胞变异检测结果

点突变、小片段插入缺失：

拷贝数变异：

融合：未检出。

染色体拷贝数变异：

3.3.2 胚系变异检测结果

胚系变异按 ACMG、AMP 和 CAP 于 2015 年联合发布的指南分为 5 类：致病（Pathogenic）、可能致病（Likely Pathogenic）、意义不明（Uncertain Significance）、可能良性（Likely Benign）、良性（Benign）。本报告列出肿瘤遗传相关基因的致病或可能致病变异。

3.4 肿瘤突变负荷（TMB）

本报告将变异频率 ≥5% 的非同义突变纳入 TMB 计算。TMB 检测敏感性受到组织样本中肿瘤细胞占比影响；当肿瘤细胞占比小于 20% 或最大体细胞变异频率（maxAF）小于 10% 时，TMB 检测敏感性受限。

本报告参考 FDA 对实体瘤的批准信息：TMB ≥10 Muts/Mb 时提示 TMB-H；TMB <10 Muts/Mb 时提示 TMB-L。

3.5 微卫星不稳定性（MSI）

本报告通过检测 panel 中覆盖的 117 个微卫星位点，分析各 MS 位点状态并确定 MSI ratio。质控和结果判定标准如下：

• 通过质控位点数 ≥100：质控合格；80–99：质控警戒；<80：质控不合格。
• MSI ratio ≥18%：MSI-H；14% ≤ MSI ratio <18%：灰区，建议验证；MSI ratio <14%：MSS。
• 当 DNA 降解严重或数据有效深度 <300X 时，检测特异性可能受影响；当肿瘤细胞占比 <20% 或 maxAF <10% 时，检测灵敏度可能受影响。

3.6 肿瘤拷贝数变异负荷及可视化分析

拷贝数变异负荷（CNV burden）：26.95%。

CNV 可视化原图含患者身份信息，仅保存在本地 Git 忽略目录中。

注：肿瘤拷贝数变异负荷指常染色体上发生拷贝数变异的区域长度占常染色体总长度的比例。此次结果仅供临床医生参考，不可作为临床诊断与治疗依据。

3.7 变异详解

3.7.1 诊断/预后/靶向变异详解

3.7.1.1 具有临床意义的变异详解（I 类、II 类）

CDK4 扩增

基因概述：CDK4（cyclin dependent kinase 4，细胞周期蛋白依赖性激酶 4）是一种细胞内激酶，在多种癌症中可见扩增或突变，定位于 12q14.1。它是丝氨酸/苏氨酸激酶，调节细胞周期由 G1 期转变至 S 期。有丝分裂原刺激后，CDK4 与 cyclin D 和 CDK6 形成复合物并被激活（PMID: 12432268）；活性复合物使视网膜母细胞瘤蛋白（RB）磷酸化并失活，诱导 E2F 转录因子家族调节的基因表达程序。CDK4/6 受 p16INK4a（CDKN2A）负调节。CDK4 扩增和过表达见于肉瘤、胶质母细胞瘤和乳腺癌；CDK4/6 抑制剂已在某些实体瘤中显示临床功效。

变异解析：检测到 CDK4 基因拷贝数扩增。有报道该变异为致癌突变（Oncogenic；PMID: 23569312、20534551、8101826、28303264、25028469、10970848）。

相关药物：哌柏西利。FDA/NMPA 尚未批准以该变异为生物标志物的靶向药物用于该癌种。

指南共识：

1. CNS WHO 肿瘤分类指南第 5 版提示，CDK4 扩增可能加速 IDH 突变型星形细胞瘤生长；部分研究认为其与更差预后相关，但研究结论并不完全一致。
2. CDK4 扩增与少突胶质细胞瘤的临床结局没有相关性。
3. 约 15% 的 IDH 野生型胶质母细胞瘤携带 CDK4 或 CDK6 扩增；CDK4 扩增通常与 CDKN2A 缺失共存，携带 FGFR3::TACC3 融合的胶质母细胞瘤常发生 CDK4 和 MDM2 扩增。
4. 缺乏癌基因（包括 CDK4）扩增的 H3 G34 突变型弥漫性半球胶质瘤与较长的总生存期相关。
5. CDK4 扩增在具有毛样特征的高级别星形细胞瘤（HGAP）中也有报道。
6. cIMPACT-NOW update 12 指出，涉及 RB 通路的特定改变可能提示较强侵袭性；对于携带相关遗传改变、但缺乏 CNS WHO 4 级组织学或遗传学特征的 IDH 突变型星形细胞瘤，建议指定为 CNS WHO 3 级。目前证据不支持将 CDKN2A/B 半合子缺失纳入分级标准。

chr13q 完全缺失

变异解析：13 号染色体长臂发生拷贝数缺失。

指南共识：CNS WHO 肿瘤分类指南第 5 版提示，chr13q 缺失与后颅窝室管膜瘤 PFB 组的不良预后相关。

3.7.1.2 部分临床意义不明的变异详解（III 类）

APOB p.I4341V

基因概述：该基因产物是乳糜微粒和低密度脂蛋白（LDL）的主要载脂蛋白，是 LDL 受体的配体。apoB-48 仅在肠道合成，apoB-100 在肝脏合成。该基因或其调控区域的突变可导致低倍脂蛋白血症、常三甘油脂血症、低倍脂蛋白血症和配体缺陷性 apoB 引起的高胆固醇血症等疾病。

变异解析：APOB p.I4341V 是错义突变，位于第 29 号外显子，导致编码蛋白第 4341 位氨基酸由 I（异亮氨酸）变为 V（缬氨酸）。目前该变异致癌性意义不明（VUS）。

染色体区段变异

3.7.2 遗传肿瘤相关检测结果详解

基因概述：TP53 是抑癌基因，编码一种控制细胞周期启动的转录因子。细胞受损且不能修复时，TP53 蛋白参与启动细胞凋亡。TP53 基因突变后可失去对细胞生长、凋亡和 DNA 修复的调控作用，使缺陷细胞异常增殖并引发癌症。TP53 突变可导致李-佛美尼综合征（LFS，Li-Fraumeni syndrome），患者乳腺癌、结直肠癌、中枢神经系统肿瘤、黑色素瘤、肉瘤、胰腺癌等风险升高。该综合征呈常染色体显性遗传（AD；OMIM #151623）。

变异解析：TP53 c.782+1G>A 为剪接位点变异，预计干扰 RNA 正常剪接并影响蛋白功能。该变异在人群数据库 gnomAD 中未见收录；ClinVar 收录为致病突变（Variation ID: 634684）。根据 ACMG，判定该变异为致病突变。

结果解释：

1. 送检样本检测到 TP53 基因胚系致病突变，为杂合突变；TP53 基因致病突变可导致李-佛美尼综合征。
2. 李-佛美尼综合征患者乳腺癌、结直肠癌、中枢神经系统肿瘤、黑色素瘤、肉瘤、胰腺癌等患病风险升高。
3. 李-佛美尼综合征呈常染色体显性遗传，突变有 50% 概率遗传至下一代；建议受检者直系血亲进行基因检测和遗传咨询，综合考虑制定家族个性化健康管理方案。

3.8 附赠检测质控

总体质量评估：本样本插入片段长度 140 bp，低于参考范围（≥150），提示 DNA 可能存在一定程度片段化/降解，可能降低拷贝数变异/结构变异等的检出灵敏度；若临床高度怀疑而本次未检出明确异常，建议重新送检或者采用其他方法学进行验证。

4. 检测局限性

1. 检测结果仅供临床诊疗提供参考和辅助，具体治疗方案应由临床医师结合临床信息综合分析。
2. 本检测结果的解读主要基于药物批准信息（FDA/NMPA）、指南共识（NCCN、ASCO、CSCO 和 ESMO 等）、公共数据库及文献会议；随着临床研究进展和数据库更新，变异分类和解读可能发生变化。
3. 本方法检测 DNA 水平的体细胞突变和胚系变异，不检测表观遗传、RNA 和蛋白水平的异常，也不适用于检测倒位、易位等基因组特殊结构变异。
4. 肿瘤基因突变具有时间和空间上的异质性；不同取样部位或不同取样时间的样本突变谱可能不同，本检测只对送检样品负责。
5. 未检出指定基因的变异（阴性结果）不能排除存在低于检测下限的变异。
6. 本检测不能排除由于染色体多倍体导致的 CNV。CNV 检测敏感性受组织样本中肿瘤细胞占比影响；当肿瘤细胞占比 <20% 时，CNV 检测敏感性受限。
7. TMB 检测敏感性受组织样本中肿瘤细胞占比影响；当肿瘤细胞占比 <20% 或 maxAF <10% 时，检测敏感性受限。
8. MSI 检测敏感性受组织样本中肿瘤细胞占比影响；当肿瘤细胞占比 <20% 或 maxAF <10% 时，检测敏感性受限。
9. 未覆盖的染色体区段包括：chr13p、chr14p、chr15p、chr18p、chr20p、chr21p、chr22p。

5. 基因检测列表

5.1 常见诊断预后基因列表

以下六张附表逐字转录自原报告第 16–24 页（扫描页含患者身份信息，仅保存在本地 Git 忽略目录）。 标记约定：* 标注的基因展示其检出的体系/胚系突变；# 标注的基因展示其检出的胚系突变；不带标记的展示检出的体系突变。

本例除附表 2 中 13q 完全缺失 一项外，其余全部为「未检出」——这正是本例只能落到排除性分类的依据。

附表 1　成人型、儿童型弥漫性胶质瘤常见诊断预后基因列表

本例归类的直接依据：上表中 H3-3A p.K28、p.G35、IDH1/2、TERT、EGFR 扩增、7 号完全获得 / 10 号完全缺失、PDGFRA、MYCN、以及全部融合项均为「未检出」。

附表 2　局限性星形细胞胶质瘤和室管膜瘤常见诊断预后基因列表

本表是整份附表中唯一的阳性结果（原报告以红字标出）。需要注意的是，13q 完全缺失在此处的判读语境是「后颅窝室管膜瘤 PFB 组的不良预后标志」，而本例并非室管膜瘤；其对本例的意义在于 RB1（13q14.2）与 BRCA2（13q13.1）各少一条拷贝，详见 3.3.1 节染色体拷贝数变异。

另需注意：多形性黄色瘤型星形细胞瘤（PXA）所需的 BRAF p.V600E 与 CDKN2A/B 纯合缺失在本表中均为未检出，与术前 MRI 的 PXA 印象不符。

附表 3　胶质神经元和神经元肿瘤常见诊断预后基因列表

注：未能覆盖检测 SEC23B、USF3、WWP1 胚系变异导致的小脑发育不良性神经节细胞瘤。

附表 4　脑膜部位常见肿瘤诊断预后相关基因列表

本例天坛会诊提到「局部有肉瘤变趋势」，故本表中 CIC 重排肉瘤、原发性颅内肉瘤 DICER1 突变型、尤文肉瘤、颅内间叶性肿瘤 FET-CREB 融合阳性型等条目值得留意——均为未检出。

附表 5　胚胎性肿瘤常见诊断预后基因列表

注：未能覆盖检测有多层菊形团的胚胎性肿瘤中常见的分子改变 C19MC（19q13.42）以及 MIR17HG 变异；未能覆盖髓母细胞瘤中常见的分子改变 GLI2 变异。

附表 6　松果体肿瘤常见诊断预后基因列表

这一行是 README 中「第 24 页指示 RB1 未失活」的出处。 需要注意它的判读范围：*RB1 · 失活变异/拷贝数缺失 · 未检出 指的是没有检出 RB1 的点突变或局灶性拷贝数缺失，并未把 3.3.1 节中整条 chr13q 完全缺失（拷贝数 0.94） 计入——而 RB1 基因正位于 13q14.2。因此不能据此断定 RB1 蛋白功能完好，需以 RB1 蛋白免疫组化确认。

上列附表中的脑部肿瘤基因诊断及预后检测内容参考世界卫生组织（WHO）2021 年版中枢神经系统肿瘤分类指南（WHO CNS5）。

5.2 中枢神经系统遗传性肿瘤综合征

注：疾病类型和检测基因参考 WHO 2021 年版涉及中枢神经系统的遗传性肿瘤综合征。

5.3 经 NMPA 获批的 4 个基因

• KRAS（NM_004985）
• BRAF（NM_004333）
• PIK3CA（NM_006218）
• NRAS（NM_002524）

5.4 附赠检测基因

原报告附表列出实体瘤临床 1326 基因全表（563 个覆盖全部外显子区域的基因 + 763 个其他相关基因）、融合基因列表（72）和遗传性肿瘤相关基因列表（123）。

这三份是 panel 的覆盖范围目录，不含本例的个体检测结果，因此未作转录；本例的全部阳性与阴性结果见 3.3 节与 5.1 节。原始扫描页含患者身份信息，仅保存在本地 Git 忽略目录中，需要核对 panel 是否覆盖某个基因时再行调阅。