分子济南金域检验实验室

胶质瘤精准诊疗综合检测 Mini 套餐(FFPE,DNA + RNA)

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济南金域检验实验室

胶质瘤精准诊疗综合检测 Mini 套餐(FFPE,DNA + RNA)

报告日期:2026-06-19 · 本报告单经电子签名认证

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基本信息

项目 内容 项目 内容
姓名 患者A 标本条码 SAMPLE-A
报告日期 2026/6/19 17:54:09 实验号 [已脱敏]
性别 女 年龄 13 岁
送检医院 珠海市人民医院 送检科室 神经外科
送检医生 吴芃艳 标本类型 固定组织
门诊/住院号 [已脱敏] 接收时间 2026-06-12 23:21:23
临床诊断 脑占位性病变(右侧大脑半球) 参考基因组 GRCh37/hg19
项目 内容
项目名称 胶质瘤精准诊疗综合检测 Mini 套餐(FFPE, DNA+RNA)
检测方法 二代测序(Next Generation Sequencing)+ PCR
检测平台 Illumina 测序平台(NextSeq550/NovaSeq6000)

检测范围与方法

检测内容

检测样本 检测项目 检测意义
FFPE 组织 DNA 辅助诊断、靶向治疗和预后评估相关基因变异 本检测采用二代测序分析方法,覆盖了 26 个跟胶质瘤密切相关的基因,主要包含单核苷酸变异(SNV)、小片段缺失和插入(indel)、部分基因的拷贝数变异(CNV)和 MGMT 基因启动子区甲基化等,可辅助胶质瘤预后评估、预测相关靶向药的疗效。
FFPE 组织 DNA 微卫星不稳定性 判断微卫星不稳定性,预测免疫治疗疗效。
FFPE 组织 RNA 融合基因、可变剪接和 SNV/indel 在 RNA 水平通过二代测序对胶质瘤诊断、预后、治疗和耐药相关的 20 基因进行检测。对于 FGFR1/2/3、NTRK1/2/3 等融合和可变剪接检测,RNA 测序是金标准,检测更全面且敏感性更高;同时,RNA 测序可检测 DNA 水平检测到的融合、突变和剪接位点是否转录,可提供功能学验证证据。

DNA 检测基因列表

基因 检测区域 变异类型
AKT1 exon3 SNV/indel
ARAF exon7 SNV/indel
BRAF exon11、15 SNV/indel
BAP1 全部外显子 SNV/indel
CDKN2A 全部外显子 SNV/indel/CNV
CDKN2B 全部外显子 SNV/indel/CNV
EGFR 全部外显子 SNV/indel/CNV
FGFR1 exon2–18、intron14–17 SNV/indel/CNV/Fusion
FGFR2 exon2–18、intron1、7–9、16–17 SNV/indel/CNV/Fusion
FGFR3 exon2–18、3′ UTR、intron7–9、16–17 SNV/indel/CNV/Fusion
H3-3A exon2 SNV/indel
H3-3B exon2 SNV/indel
H3C2 Exon1 K28M 热点突变
MSI — 微卫星不稳定性
H3C3 Exon1 K28M 热点突变
IDH1 exon4 SNV/indel
IDH2 exon4 SNV/indel
MET 全部外显子、intron1、intron13–intron14_partial SNV/indel/CNV/Fusion
NTRK1 exon7–16、intron7–13 SNV/indel/Fusion
PRKCA exon13 SNV
RAF1 exon7 SNV/indel
RET exon5–20、intron6–12 SNV/indel/Fusion
SMARCA4 全部外显子 SNV/indel/CNV
SMARCB1 全部外显子 SNV/indel/CNV
TERT 启动子区 SNV
TP53 全部外显子 SNV/indel/CNV
MGMT 启动子区 甲基化

RNA 检测基因列表

基因 1 基因 2 基因 3 基因 4 基因 5
ALK FGFR2 MET NTRK1 RELA
BRAF FGFR3 MN1 NTRK2 RET
EGFR FOXR2 MYB NTRK3 YAP1
FGFR1 MAML2 MYBL1 RAF1 ZFTA

检测结果概述

1. SNV/Indel 检测结果

基因 核苷酸变化 氨基酸变化 变异频率(DNA/RNA) 变异分级 靶向/免疫治疗方案 获批情况 备注说明 变异来源
TP53 c.782+1G>A p.? 96.6% II — — — DNA

2. 基因拷贝数(CNV)检测结果

未检出。

3. 基因融合(Fusion)检测结果

未检出。

4. MGMT 启动子甲基化水平

检测项目 结果
MGMT 启动子甲基化水平 阴性

5. 免疫治疗相关检测结果

检测项目 结果 靶向/免疫治疗方案 获批情况
微卫星不稳定性(MSI) 微卫星稳定 — —

6. 主要结果解释

  1. 本样本未检测到 IDH 基因突变、TERT 基因突变、EGFR 扩增和 CDKN2A/B 纯合缺失。建议结合病理形态学、免疫组化和分子检测结果综合考虑。
  2. 本样本未检测到 MGMT 基因启动子超甲基化,提示患者使用烷化剂(替莫唑胺)获益较超甲基化患者少。
  3. 请结合患者临床情况和其他实验室检测结果,谨慎使用本基因检测结果。

检测质控参数

1. 样本病理评估结果

项目 结果
病理号 PATH-A
组织样本类型 白片
病理 HE 切片典型形态 两幅 H&E 图像,参见源 PDF 第 3 页(原报告第 4 页)
肿瘤含量 70%
坏死细胞占比 10%
是否富集 否
总体质量评估结果 合格

注:

  1. 本报告只对该样本进行组织病理评估,评估结果包括肿瘤细胞占比、肿瘤面积和坏死细胞占比。
  2. 组织病理评估是根据肿瘤细胞占比、肿瘤面积、坏死细胞占比进行的综合评估结果。
  3. 该部分样本肿瘤细胞占比仅作参考。

2. 测序流程质量控制参数评估

检测样本 质控参数 检测结果 质控标准
组织 DNA 平均测序深度(X) 5833.70 ≥500X
组织 DNA ≥500X 的碱基比例 97.12% ≥85%
组织 DNA 序列比对率(On Target) 99.97% ≥95%
组织 DNA Q30 97.83% ≥85%
组织 RNA 有效 Reads 数 27.953M ≥3M
组织 RNA RNA 总量(ng) 4164.0 ≥20
— 阳性质控 在控 —
— 无模板质控 在控 —
— 总体质量评估结果 合格 —

检测结果详述

第一部分:辅助诊断/靶向治疗/预后评估相关体细胞基因变异

1. SNV/Indel 检测结果

具有强临床意义的 I 类变异检测结果

未检出。

具有潜在临床意义的 II 类变异检测结果
基因 染色体坐标 转录本号 外显子/内含子 核苷酸改变 氨基酸改变 变异频率(DNA/RNA) 测序深度(DNA/RNA) 变异来源
TP53 chr17:7577498 NM_000546.6 exon7 c.782+1G>A p.? 96.6% 1209X DNA
结果解读

1. 本样本检测到 TP53 基因 c.782+1G>A 失活突变

  1. TP53 基因功能

TP53 基因编码 p53 肿瘤抑制蛋白,是一种转录因子,通过诱导下游的抗肿瘤反应,如 DNA 修复和凋亡,对细胞应激作出反应,包括 DNA 损伤和致癌激活。

  1. TP53 失活变异致癌原理

TP53 是一种抑癌基因,其编码蛋白与细胞凋亡和细胞周期调控过程有关。该基因是人类癌症中最常见的突变基因,发生基因功能丧失突变后会导致编码的 P53 蛋白失去对细胞生长、凋亡和 DNA 修复的调控作用,进而导致肿瘤的发生。肿瘤中 TP53 基因功能丧失改变主要是单核苷酸错义变异,这些变异广泛分布于整个基因中,但大多数位于 DNA 结合域。DNA 结合域中没有单一热点,但大多数突变发生在 175、245、248、273 和 282 位氨基酸。TP53 基因胚系变异患者容易发生癌症易感综合征,即 Li-Fraumeni 综合征,患者伴发多种癌症和肉瘤的风险显著增加。

  1. TP53 失活变异相关靶向治疗

目前尚没有针对 TP53 基因突变的靶向药物获批用于肿瘤治疗。

  1. 本例变异解读

本例检测到 TP53 基因 c.782+1G>A 失活突变,该突变为剪接位点突变,可能影响基因的正常剪接,预计导致蛋白功能丧失。目前尚没有针对 TP53 基因突变的靶向药物获批用于肿瘤治疗。

参考文献、指南或数据库:

  1. Olivier M, Hollstein M, Hainaut P. TP53 mutations in human cancers: origins, consequences, and clinical use. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2010 Jan;2(1):a001008.
  2. Aubrey BJ, Strasser A, Kelly GL. Tumor-Suppressor Functions of the TP53 Pathway. Cold Spring Harb Perspect Med. 2016 May 2;6(5):a026062.
临床意义不明的 III 类变异检测结果

未检出。

2. 基因拷贝数(CNV)检测结果

未检出。

3. 基因融合(Fusion)检测结果

未检出。

4. MGMT 启动子甲基化水平检测结果

检测项目 结果
MGMT 启动子甲基化水平结果判定 阴性
解释说明
  1. MGMT 启动子甲基化在少突胶质细胞瘤中发生率为 60%~80%,在混合性少突星形细胞瘤发生率为 60%~70%,在 GBM 发生率为 20%~45%,在间变性星形细胞瘤中发生率为 40%~50%,在毛细胞型星形细胞瘤发生率为 20%~30%。在继发性 GBM 和低级别弥漫性胶质瘤中,MGMT 启动子甲基化状态与 IDH 基因突变和 1p/19q 共缺失的状态呈正相关。
  2. 在 TCGA(癌症图谱研究网络)进行的一项大样本、多中心的原发性 GBM 研究中,在 MGMT 甲基化的 GBM 患者放化疗后基因组发生了大量的突变,其中包括错配修复(MMR)基因突变,而 MGMT 蛋白无法修复突变。MGMT 启动子甲基化引起 MGMT 基因转录沉默,从而使得 DNA 修复功能下降,细胞对化疗的敏感性增加。MGMT 启动子甲基化的胶质瘤患者对化疗、放疗敏感,生存期较长。

参考文献、指南或数据库:

  1. NCCN guidelines for Central Nervous System Cancers Version 2.2025.
  2. Louis D N, Perry A, Wesseling P, et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary[J]. Neuro Oncol, 2021, 23(8): 1231–1251.
  3. Louis D. N, Perry A, Wesseling P, 等. 2021 年 WHO 中枢神经系统肿瘤分类概述[J]. 放射学实践, 2021, 36(7): 818–831.
  4. 中国中枢神经系统胶质瘤免疫和靶向治疗专家共识(第二版)[J]. 中华医学杂志, 2020, 100(43): 3388–3396.
  5. 国家卫生健康委员会医政医管局. 脑胶质瘤诊疗规范(2018 年版)[J]. 中华神经外科杂志, 2019, 35(3): 217–239.
  6. 中国脑胶质瘤协作组, 中国脑胶质瘤基因组图谱计划. 中国脑胶质瘤分子诊疗指南[J]. 中华神经外科杂志, 2014, 30(5): 435–444.
  7. Wick W, Weller M, van den Bent M, et al. MGMT testing—the challenges for biomarker-based glioma treatment. Nat Rev Neurol. 2014 Jul;10(7):372–85.

5. 微卫星不稳定性(MSI)

有效总微卫星位点数 微卫星不稳定位点数 微卫星不稳定位点占比 微卫星状态
45 2 4.44% 微卫星稳定
解释说明
  1. 根据本实验室验证结果,cutoff 值为 40%,微卫星不稳定位点占比大于等于 40% 时判定为高度微卫星不稳定(MSI-H),微卫星不稳定位点占比小于 40% 判定为微卫星稳定(MSS)。
  2. 研究发现 MSI 是免疫检查点抑制剂疗效的预测因子,高度微卫星不稳定(MSI-H)的实体肿瘤患者更能从免疫检查点抑制剂的治疗中获益。

注:微卫星不稳定位点占比 = 微卫星不稳定位点数 / 有效总微卫星位点数。

综合: 本样本未检测到高度微卫星不稳定。

参考文献、指南或数据库:

  1. Marabelle A, Le DT, Ascierto P A, et al. Efficacy of Pembrolizumab in Patients With Noncolorectal High Microsatellite Instability/Mismatch Repair–Deficient Cancer: Results From the Phase II KEYNOTE-158 Study[J]. J Clin Oncol, 2020, 38(1): 1–10.
MSI 结果说明
  1. MSI 状态结果说明:MSI 状态分为三类:MSI-H(微卫星高度不稳定)、MSI-L(低度微卫星不稳定)、MSS(微卫星稳定)。
  2. FDA 批准帕博利珠单抗(Pembrolizumab)用于成人和儿童治疗进展后,不能切除或转移的微卫星不稳定性(MSI-H)/错配修复缺陷型(dMMR)实体瘤患者;用于无法切除或转移性 MSI-H/dMMR 结直肠癌患者的一线治疗;用于氟尿嘧啶、奥沙利铂和伊立替康治疗后进展的无法切除或转移性 MSI-H/dMMR 的成人和儿童结肠直肠癌患者。
  3. FDA 批准纳武利尤单抗(Nivolumab)单药或与 ipilimumab 联合用于既往接受氟尿嘧啶、奥沙利铂和伊立替康治疗后出现疾病进展的 MSI-H/dMMR 的转移性结直肠癌成人和儿童(12 岁及以上)患者。
  4. FDA 批准多塔利单抗(Dostarlimab-gxly)用于治疗携带错配修复缺陷(dMMR)的复发或晚期实体瘤患者。

局限性及声明

  1. 本检测采用二代测序法检测组织 tDNA 水平变异,有效测序深度为 200× 时,检测灵敏度约为 10%(可报告变异频率为 10% 及以上的变异);有效测序深度为 500× 时,检测灵敏度约 5%(可报告变异频率为 5% 及以上的变异);更低频率的变异则要求满足更高的测序深度。需要明确的是,二代测序作为一种分子检测技术,必然存在一定的局限性,某些区域的变异可能因为测序质量较差而无法确定其真实性,需要采用其他方法进行验证。
  2. 本检测 DNA 测序部分可报告所列基因的全部编码区及上下游 2bp 发生的变异,包括 DNA 水平的单核苷酸变异、小片段插入/缺失变异,以及基于二代测序数据的部分基因的扩增(具体基因详见检测基因列表;报告拷贝数 ≥4 的全编码区拷贝数增加)和部分基因的常见融合等;本检测不适用于基因拷贝数缺失或重组以及位于基因调节区和内含子区深处的变异,也不适用于 RNA、表观遗传学及蛋白水平的变异分析。
  3. 本检测 RNA 测序部分采用磁珠法进行石蜡包埋组织(FFPE)总 RNA 提取,逆转录合成 cDNA 后,基于高通量进行测序实验。该项目除检测融合基因变异外,还报告 mRNA 水平编码区单核苷酸/小的插入或缺失变异(SNV/Indel)。不是肿瘤组织的所有编码基因都会转录 mRNA,且不同肿瘤组织编码基因转录 mRNA 可能会有差异,因此本靶向 RNA 测序能检测给定的肿瘤组织中能够表达的蛋白编码基因。融合基因是由染色体倒位、缺失和/或易位等基因组重排而发生的结构变异,并因此产生新的蛋白产物。可变剪接在基因功能调控中具有重要作用,存在于很多肿瘤的关键基因中,从而产生差异表达的转录本,形成肿瘤的不同表型。本检测受测序深度影响,低表达量或低肿瘤含量的融合变异可能出现假阴性结果。本项目仅能报告能够产生转录本的融合基因或可变剪接,对于不能产生转录本的融合形式(例如绝大多数 IGH 相关融合)或可变剪接的检测不适用。此外,由于 FFPE 样本的 RNA 容易降解,因此 FFPE 样本的检测结果会受较大影响,容易造成检测失败或假阴性结果。
  4. 由于肿瘤存在肿瘤间和肿瘤内的异质性,在肿瘤发展和治疗过程中也存在获得性基因组变异,使癌症变异谱发生变化,所以检测只对当次送检样品负责;提供的结果仅供临床参考,请结合临床及其他检测结果综合分析。
  5. 本检测的实验特性由济南金域检验实验室确认。如对本次检测结果有疑问,请与当地业务员或者拨打客服电话联系。由于样本保存有一定期限,请在自报告日期起的 7 天内提出复查申请,逾期不再受理复检。
  6. 本实验室严格按照 CAP 要求和 ISO15189 进行项目验证及检测,所有数据均保存于本实验室,以便查询。
  7. 基因检测技术同其他检验方法一样,存在由于技术、样本以及操作所导致的假阴性或假阳性的风险。本检测主要用于辅助临床决策,检测结果仅供临床参考,请结合临床及其他检测结果综合分析和制定治疗方案。部分基因与药物对应关系尚未获得权威机构批准或临床指南和共识推荐,需临床医生酌情参考。此用药信息仅依据基因检测结果提供,实际用药请遵医嘱。如想了解全面的临床试验信息,可参考 https://clinicaltrials.gov/。
  8. 鉴于肿瘤基因研究进展迅速,本实验室将会持续关注学术研究动态,临床可定期向本实验室进行学术更新问询。

实验室信息

项目 内容
主检实验室 济南金域
网址 https://www.kingmed.com.cn/
地址 济南市高新区开拓路 2333 号
客服电话 4001-111-120
邮编 250000
传真 0531-88689696
主检签名 沈阳丹(手写)
审核签名 李童童(手写)
报告日期 2026-6-19 17:54:09